Δυο σημαντικά Δέλτα οριοθετούν το βόρειο και το νότιο άκρο της Πιερίας, προσδίδοντας της ακόμη μεγαλύτερη αξία στην ήδη μεγάλη οικολογική αξία της.

Το Δέλτα του Αλιάκμονα καλύπτει μία έκταση 40.000 στρ. και, μαζί με τις εκβολές των ποταμών Γαλλικού, Λουδία, Αξιού και τη λιμνοθάλασσα της Αλυκής Κίτρους, ανήκει στο Εθνικό Πάρκο Δέλτα Αξιού, ένα από τα σημαντικότερα της Ευρώπης.

Περισσότερα από 500 είδη φυτών κάνουν την περιοχή έναν βοτανικό παράδεισο. Πιο χαρακτηριστικά από αυτά είναι ο κρίνος της θάλασσας, το κομπόχορτο, η σαλβίνια και η αζόλη. Στην πυκνή βλάστηση που καλύπτει τις όχθες του βρίσκουν καταφύγιο ένα πλήθος άγριων ζώων. Έχουν καταγραφεί 215 είδη πουλιών που φωλιάζουν, ξεχειμωνιάζουν ή σταθμεύουν κατά την μετανάστευσή τους, με πιο χαρακτηριστικό είδος τους ερωδιούς. Επίσης στον Αλιάκμονα υπάρχουν 33 είδη ψαριών του γλυκού νερού.

Η ανάμιξη του γλυκού με το αλμυρό νερό ευνοεί την ανάπτυξη των οστρακοκαλλιεργειών και κυρίως της μυδοκαλλιέργειας η οποία στην περιοχή αυτή αντιπροσωπεύει το 90% περίπου της συνολικής παραγωγής στην Ελλάδα.

Στο νοτιότερο τμήμα της προστατευόμενης περιοχής, στο ακρωτήριο Αθερίδα, βρίσκεται η Λιμνοθάλασσα Αλυκής Κίτρους, που φιλοξενεί μεγάλους αριθμούς πουλιών που τρέφονται, διαχειμάζουν και αναπαράγονται εδώ. Ειδικά το χειμώνα, η περιοχή προσφέρει εντυπωσιακές εικόνες στον επισκέπτη, χάρη στα χιλιάδες φοινικόπτερα (φλαμίνγκο) που συγκεντρώνονται στα αβαθή νερά της.

Μεταξύ της θάλασσας και της λιμνοθάλασσας μεσολαβεί μία αμμώδης λωρίδα, όπου αναπτύσσονται αμμοθίνες. Οι αμμοθίνες αυτές είναι γεμάτες ζωή· εδώ μάλιστα οι πληθυσμοί των χελωνών έχουν την μεγαλύτερη πυκνότητα στον κόσμο.

Στο Παρατηρητήριο της Νέας Αγαθούπολης, που λειτουργεί με ευθύνη του Φορέα Διαχείρισης του Εθνικού Πάρκου, ο επισκέπτης μπορεί να απολαύσει την εντυπωσιακή θέα προς το Δέλτα του Αλιάκμονα, χρησιμοποιώντας τηλεσκόπιο και κιάλια· να βαδίσει το μονοπάτι που περιτρέχει τον υγρότοπο και να χαρεί από κοντά τα υδρόβια και τα παρυδάτια πουλιά που φιλοξενούνται εκεί· να χρησιμοποιήσει τα ποδήλατα που διαθέτει ο Φορέας Διαχείρισης στον ποδηλατόδρομο που συνδέει το Παρατηρητήριο με την παραλία της Μεθώνης.

Ο Υδροβιότοπος Νέων Πόρων βρίσκεται στο βόρειο μέρος του Δέλτα του ποταμού Πηνειού και χαρακτηρίζεται για την μεγάλη του οικολογική αξία. Η χλωρίδα του περιλαμβάνει πάνω από 600 είδη φυτών. Η πανίδα του αποτελείται από αποδημητικά πουλιά, για τα οποία είναι ο μεγαλύτερος μεταναστευτικός σταθμός στην ανατολική ηπειρωτική Ελλάδα. Στην περιοχή του ἐχουν καταγραφεί 225 είδη ορνιθοπανίδας και 37 είδη ψαριών.