Η ευρύτερη περιοχή του Κιλκίς κατοικήθηκε για πρώτη φορά κατά την εποχή του Χαλκού και του Σιδήρου. Από την εποχή του Τρωικού πολέμου η περιοχή είναι γνωστή ως κατοικία των Παιόνων, στην οποία αναφέρεται και ο Όμηρος, ενώ κατά το 12^ο αιώνα π.Χ. κατοικήθηκε από Κρήτες. Στα κλασσικά χρόνια αποτέλεσε τμήμα του Μακεδονικού βασιλείου και στα ρωμαϊκά χρόνια ονομάστηκε «Κάλλικουμ», από όπου έχει πάρει το όνομά του το σημερινό Κιλκίς.

Όπως όλη η Κεντρική Μακεδονία, στη συνέχεια το Κιλκίς λεηλατήθηκε από τους Γότθους, τους Ούνους, τους Άβαρους και τους Σλάβους. Κατά τη βυζαντινή περίοδο αποτέλεσε μέρος της Αυτοκρατορίας, όπου αναπτύχθηκε ιδιαίτερα. Μετά την κατάκτηση της Θεσσαλονίκης από τους Τούρκους, το 1430, και το Κιλκίς βρίσκεται υπό τον οθωμανικό ζυγό.

Οι κάτοικοι του Κιλκίς συμμετείχαν στην Επανάσταση του 1821, αλλά η απελευθέρωσή του θα έρθει στο δεύτερο μισό του 19^ου αιώνα, με την έναρξη του Μακεδονικού Αγώνα. Οι κρίσιμες μάχες των Βαλκανικών πολέμων απελευθερώνουν τελικά το Κιλκίς τον Ιούνιο του 1913. Μία δεκαετία αργότερα, η Μικρασιατική καταστροφή φέρνει πολλούς πρόσφυγες στο νομό. Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου πολέμου, και το Κιλκίς θα βρεθεί υπό Γερμανική κατοχή, ενώ συνιστά κέντρο αντάρτικης αντιστασιακής δράσης μέχρι την απελευθέρωσή του το 1944.

Η μακρά και πολυτάραχη ιστορία του Κιλκίς έχει αντίκτυπο στο σύγχρονο πολιτισμό του. Τα μνημεία και οι αρχαιολογικοί τόποι αναδεικνύουν την ιστορία και υπενθυμίζουν τα σημαντικότερα γεγονότα που βίωσε μέσα στο χρόνο η περιοχή.