Το Βυζαντινό Μουσείο στεγάζεται στον ναό της Αναλήψεως, στο Κάτω Λιβάδι. Φιλοξενεί ψηφιδωτά, τοιχογραφίες, εικόνες και έργα αργυροχοΐας, μεταλλοτεχνίας και κεραμικής, από τις αναρίθμητες εκκλησίες του νησιού.

Το Ιστορικό Αρχείο Κυθήρων στεγάζεται στο Διοικητήριο του κάστρου της Χώρας και είναι ένα από τα σπουδαιότερα ενετικά αρχεία της Ελλάδας. Το υλικό του καλύπτει την περίοδο από το 16ο αι. μέχρι τις αρχές του 20ου.

Η αξιόλογη Λαογραφική Συλλογή Κυθήρων φιλοξενείται στο παλιό Δημαρχείο, στην Χώρα Κυθήρων.