Το Ιδαίο Αντρο ήταν η καρδιά του μινωϊκού κόσμου, το προϊστορικό πνευματικό κέντρο της Κρήτης. Βρίσκεται στις βόρειες πλαγιές του Ψηλορείτη, στο οροπέδιο της Νίδας, σε ύψος 1538 μ. Ένα τοπίο μαγευτικό. Η καρδιά της Κρήτης.
Καθώς ανεβαίνουμε για το Ιδαίο Άντρο από τα Ανώγεια, συναντάμε την Ζώμινθο. Σημαντικό μινωϊκό οικισμό πάνω στην ιερά οδό των Μινωϊτών από την Κνωσό προς την ιερή κορυφή.

Το ανακτορικό σύμπλεγμα στο Μοναστηράκι (38 χλμ από το Ρέθυμνο, κοντά στον Φουρφουρά) είναι μεγάλης σημασίας για την γνώση μας του μινωϊκού πολιτισμού, καθώς μετά την καταστροφή του, γύρω στο 1700 π.Χ., δεν ανοικοδομήθηκε ξανά και έτσι δεν αλλοιώθηκε η αρχική του μορφή. Καλύπτει τεράστια έκταση (300 στρ.) και η ανασκαφή του είναι σε εξέλιξη.

Άλλες σημαντικές μινωϊκές θέσεις στον Νομό είναι ο παλαιοανακτορικός οικισμός του Αποδούλου (18 χλμ νότια από το Μοναστηράκι) και το υστερομινωϊκό νεκροταφείο των Αρμένων (8 χλμ νότια του Ρεθύμνου) με περισσότερους από 200 θαλαμωτούς τάφους.

Η αρχαία Ελεύθερνα (22 χλμ ΝΑ του Ρεθύμνου) είναι ο σημαντικότερος ίσως αρχαιολογικός χώρος των ιστορικών χρόνων στην Κρήτη, από την άποψη των πολλών και σημαντικών κινητών ευρημάτων. Η πόλη άκμασε για περίπου μιάμιση χιλιετία από τον 9ο αι. π.Χ., όταν την ίδρυσαν οι Δωριείς. Είναι τόσα πολλά και τόσο αξιόλογα τα ευρήματα που συνεχώς έρχονται στο φως, που ο αρχαιολογικός χώρος θα αποκτήσει σύντομα το δικό του μουσείο.