Ο ναός της Αφαίας είναι αναμφισβήτητα το σημαντικότερο αρχαίο μνημείο της Αίγινας, αλλά και το σημαντικότερο αρχαϊκό μνημείο της Ελλάδας. Δεσπόζει στην κορυφή ενός πευκόφυτου λόφου, 2 χλμ βόρεια Αγ. Μαρίνας. Στην θέση αυτή υπήρχε λατρευτική δραστηριότητα ήδη από τη προελληνική εποχή. Ο ναός κτίσθηκε γύρω στο 500 π.Χ. και είναι ο δεύτερος πώρινος, που οικοδομήθηκε στην ίδια περίπου θέση και με τον ίδιο προσανατολισμό. Ο πρωιμότερος δωρικός ναός, που χρονολογείται περίπου στο 570 π.Χ., καταστράφηκε από πυρκαγιά γύρω στο 510 π.Χ. Η αθηναϊκή επιβολή στην Αίγινα από τα μέσα του 5ου αι. π.Χ. έφερε την σταδιακή παρακμή του ιερού και προς το τέλος του 2ου αι. π.Χ. ο χώρος είχε πια εγκαταλειφθεί.
Σήμερα τον επισκέπτη τον υποδέχεται ο θαυμάσιος ναός γυμνός από τον γλυπτό του διάκοσμο. Όλος ο γλυπτός διάκοσμος των αετωμάτων, το αριστούργημα της αρχαϊκής γλυπτικής, βρίσκεται στην Γερμανία, στην γλυπτοθήκη του Μονάχου. Τα γλυπτά των αετωμάτων και τα ακρωτήρια της στέγης ήταν από παριανό μάρμαρο. Το θέμα και των δύο αετωμάτων είναι οι δύο Τρωϊκές εκστρατείες, στις οποίες διακρίθηκαν οι Αιγηνίτες ήρωες Τελαμών και Αίας. Το δυτικό αέτωμα απηχεί την αισθητική του 6ου αι. π.Χ., ενώ το ανατολικό, με τη μεγαλύτερη κινητικότητα των μορφών και την απουσία σχηματοποίησης, παραπέμπει στις αρχές του 5ου αι. π.Χ.

Ο αρχαιολογικός χώρος της Κολώνας, είναι ο χώρος της αρχαίας ακρόπολης της πόλης της Αίγινας. Μία θέση με κατοίκηση από τα προϊστορικά χρόνια. Σώζονται μυκηναϊκά τείχη, τα θεμέλια του ναού του Απόλλωνα και κτίσματα μέχρι και τα μεσαιωνικά χρόνια.

Ο ναός του Ελαννίου Διός, είναι τα ερείπια ενός ιερού που βρίσκεται κοντά στην κορυφή του όρους Ελλάνιο (532 μ.) στο ΝΔ άκρο του νησιού.

Το πιο σημαντικό μεσαιωνικό μνημείο της Αίγινας είναι η Παλαιοχώρα. Πρόκειται για την μεσαιωνική πρωτεύουσα του νησιού, που η ζωή της διήρκεσε σχεδόν 1000 χρόνια (9ος-19ος αι.) Στον οικισμό σώζονται πολλές εκκλησίες με αξιόλογες βυζαντινές αγιογραφίες. Είναι ένας μαγευτικός τόπος, που παρασέρνει τον επισκέπτη στο παρελθόν. Η Παλαιοχώρα βρίσκεται απέναντι από το μοναστήρι του Αγίου Νεκταρίου.