Οι Σπέτσες αποτελούν γεωγραφικό τμήμα της Αργολίδας, μιας περιοχής με τεκμηριωμένη προϊστορική κατοίκηση. Μάλιστα μέχρι το τέλος της τελευταίας παγετωνικής περιόδου (πριν 10.000 χρόνια περίπου) οι Σπέτσες δεν ήταν νησί, αλλά μέρος της αργολικής χερσονήσου. Επόμενο είναι να θεωρούμε ότι το νησί έχει ανθρώπινη παρουσία από πολύ παλιά. Πάντως η γειτνίασή του με την πλούσια αργολική ενδοχώρα φαίνεται ότι ήταν και η αιτία να μην αναπτυχθεί ποτέ ιδιαίτερα. Άλλωστε και η αρχαία του ονομασία, Πιτυούσα, δηλώνει ότι ήταν καλυμμένο από πευκοδάση και δεν υπήρχαν σε αυτό αξιόλογοι οικισμοί.

Τον 15ο αι. το νησί εποικίστηκε από αλβανόφωνους χριστιανούς, πρόσφυγες των ενετικών περιοχών της Πελοποννήσου που έπεσαν στα χέρια των Τούρκων. Αργότερα τους ακολούθησαν πληθυσμοί από την Τσακωνιά, την Αργολίδα και την Ερμιονίδα. Ο αρχικός μεσαιωνικός οικισμός βρισκόταν στο Καστέλι, βορειοδυτικά της σημερινής πόλης.

Οι Σπετσιώτες πήραν μέρος στην επανάσταση του 1770 και σαν αποτέλεσμα υπέστησαν καταστροφική τιμωρία από τους Τούρκους. Η καταστροφή του παλιού οικισμού έφερε τους Σπετσιώτες στην παραλία, όπου και έκτισαν την σημερινή πόλη. Στην επανάσταση του 1821 οι Σπέτσες ήταν μεγάλο ναυτικό κέντρο του αγώνα και συνέβαλαν πολύ σε αυτόν. Κορυφαία μορφή των Σπετσών στον αγώνα ήταν βέβαια η Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα, η οποία διέθεσε όλην την αμύθητη περιουσία της σε αυτόν και αγωνίσθηκε η ίδια προσωπικά σε πολλές μάχες μαζί με τα καράβια της.

Τα πευκοδάση των Σπετσών ήταν πάντα μια πολύ πλούσια πηγή ξυλείας και αυτό έδωσε στο νησί την δυνατότητα να γίνει ναυπηγικό κέντρο, ένα από τα σημαντικότερα της Ελλάδας. Οι Σπετσιώτες δημιούργησαν έναν από τους μεγαλύτερους εμπορικούς στόλους τον 18ο και τον 19ο αι. Μετά την απελευθέρωση οι Σπέτσες συνέχισαν να διακρίνονται σαν ναυπηγικό και ναυτιλιακό κέντρο της σύγχρονης Ελλάδας μέχρι τον 20ο αι. Η σπετσιώτικη ναυπηγική τέχνη συνεχίζεται μέχρι σήμερα στο παλιό λιμάνι των Σπετσών, όπου δραστηριοποιούνται ακόμη πολλά καρνάγια και κατασκευάζονται κάθε είδους ξύλινα παραδοσιακά σκάφη. Το παλιό λιμάνι των Σπετσών είναι ένα ζωντανό μουσείο της ξυλοναυπηγικής τέχνης.