Η γειτνίαση της Ύδρας με την εξαιρετικά ανεπτυγμένη, από τα πανάρχαια χρόνια, αργολική ακτή επέτρεψε την κατοίκησή της από τα προϊστορικά χρόνια. Η γη αυτή όμως δεν μπορούσε να υποστηρίξει αξιόλογους οικισμούς και η Ύδρα παρέμεινε στο ημίφως της ιστορίας σε όλην την αρχαία και μεσαιωνική περίοδο, σαν ένας αραιοκατοικημένος τόπος βοσκών.

Η αρχή του σύγχρονου οικισμού της Ύδρας ανάγεται στο 1460, όταν εγκαταστάθηκαν στο νησί οι πρώτες οικογένειες προσφύγων από τις κατακτημένες περιοχές της πελοποννησιακής ενδοχώρας. Αυτοί δημιούργησαν την Κιάφα, την πρώτη οργανωμένη οικιστική εγκατάσταση των μεταβυζαντινών χρόνων, σε μια ασφαλή τοποθεσία, με άμεση προσπέλαση προς τις βοσκές, τα χωράφια και την θάλασσα. Ο οικισμός αυτός είχε αμυντικό χαρακτήρα, με συνεχή δόμηση και υψηλούς μαντρότοιχους με πολεμίστρες.

Η αύξηση του πληθυσμού, η στενή σχέση με την θάλασσα και η οικονομική ανάπτυξη, που η ναυτιλία έφερε, οδήγησαν στην επέκταση της πόλης προς την θάλασσα. Τον 18ο αι. η πόλη αναπτύχθηκε αμφιθεατρικά γύρω από το λιμάνι και κτίστηκαν τα περισσότερα αρχοντικά. Από την εποχή αυτή ο αρχικός αγροτοκτηνοτροφικός χαρακτήρας της υδραίϊκης κοινωνίας δίνει σταδιακά την θέση του σε μια όλο και πιο ισχυρή αστική-ναυτική φυσιογνωμία. Στα χρόνια της μεγάλης οικονομικής και οικιστικής ακμής, ο πληθυσμός έφθασε τους 11.000 κατοίκους.

Η ναυτική και οικονομική δύναμη της Ύδρας κατά τον 19ο αι. την κατέστησαν μια από τις ηγέτιδες δυνάμεις της εθνεγερσίας του 1821. Στις παραμονές της επανάστασης η Ύδρα διέθετε 120 ετοιμοπόλεμα πλοία, επανδρωμένα με 5.400 άνδρες και εξοπλισμένα με 2.400 κανόνια. Ήταν λοιπόν φυσικό η Ύδρα να έχει κεντρικό ρόλο στα στρατιωτικά, αλλά και τα πολιτικά, γεγονότα του απελευθερωτικού αγώνα.

Όμως, παρόλη την ηγετική της θέση στον αγώνα και τις σημαντικές μορφές που ανέδειξε το νησί, η περίοδος μετά την απελευθέρωση ήταν μια περίοδος οικονομικής και κοινωνικής οπισθοδρόμησης και παρακμής. Η τουριστική ανάπτυξη, από την δεκαετία του '60 κυρίως και μετά, τόνωσε ξανά την οικονομία του νησιού και το έβγαλε από την αφάνεια της νεοελληνικής επαρχιακής πραγματικότητας.