Στο Ιστορικό Αρχείο-Μουσείο Ύδρας εκτίθενται τεκμήρια του ναυτικού και λαϊκού πολιτισμού του νησιού. Σημαντικό έκθεμα αποτελεί η μεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου, ενώ εδώ φιλοξενείται και η Ιστορική Πινακοθήκη. Επίσης, το μουσείο φιλοξενεί το μεγάλο Ιστορικό Αρχείο, με σχεδόν 18.000 πρωτότυπα έγγραφα, στα οποία περιλαμβάνονται ντοκουμέντα των Θ. Κολοκοτρώνη, Ι. Μακρυγιάννη, Ι. Καποδίστρια και Ανδ. Μιαούλη.

Αξιόλογο είναι και το Εκκλησιαστικό & Βυζαντινό Μουσείο, που φιλοξενείται σε χώρους της Μονής Κοίμησης Θεοτόκου, της Μητρόπολης του νησιού, δίπλα στο λιμάνι.

Στην δυτική πλευρά του λιμανιού βρίσκεται το Αρχοντικό Παύλου Κουντουριώτη, που λειτουργεί σαν Μουσείο Μεταβυζαντινής Τέχνης & Ιστορίας.

Το Αρχοντικό Λάζαρου Κουντουριώτη είναι παράρτημα του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου και φιλοξενεί πολύ πλούσια λαογραφική και εθνογραφική συλλογή.