Δεν έχουμε πληροφορίες για την αρχαιότητα των Φούρνων, που τότε ονομάζονταν Κοράσιοι Νήσοι, εκτός του ότι το νησί το κατοίκησαν κάποια στιγμή Μιλήσιοι για να εκμεταλλευτούν το μάρμαρό του, όπως μαρτυρεί και το αρχαίο λατομείο στο Πετροκοπιό. Από αυτήν την εποχή σώζεται και μία σαρκοφάγος στην πλατεία του χωριού, καθώς και κάποια υπολείμματα αρχαίας οχύρωσης.

Σε όλην την μακρά περίοδο του μεσαίωνα τα νησιά ήταν ακατοίκητα και γνωστά σαν βάση πειρατών. Κατοικήθηκαν μόλις στα τέλη του 18ου αι. και ενώθηκαν με την Ελλάδα το 1912.